這是一個魔法少女的存在獲得了認可的世界。一款名為《魔法少女育成計劃》的游戲能夠萬里挑一制造出真正的魔法少女，而等待著這些幸運女孩們的，將會是萬人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，運營方忽然宣布要將魔法少女的數量削減一半，而方法，竟然是讓現存的魔法少女進行殘酷的競賽。
　　天真善良的少女白雪（東山奈央 配音）、外冷內熱的忍者波紋（沼倉愛美 配音）、背負著巨劍的圣少女（佐倉綾音 配音）、騎著掃帚大大咧咧的最高速（內山夕實 配音）、百發百中的神槍手災厄瑪麗（井上喜久子 配音），在這些被吉祥物法布（間宮胡桃 配音）選中的魔法少女們之間，一場大戰即將拉開序幕。