應該是從遙遠的宇宙彼方K隆星來侵略地球的KERORO小隊，在劇場版中卻將地球從可怕的危機中拯救出來……這一次，KERORO軍曹的面前出現了最新！最惡！最強的敵人！！
　　故事講述冬樹與KERORO小隊一起去印加帝國的馬丘比丘足跡參觀，喜歡神秘事物的冬樹當然是大為高興，可是KERORO的腦袋里面裝滿了要侵略地球的事情。他們在那里因為迷路而發現了遺跡，后來因為突發狀況而不得不從那里逃出。但在那時，冬樹一瞬間看見了一位佇立在迷途中的少女。抱著對少女的不解之迷，冬樹與KERORO回到了東京。不過這時，最強的敵人出現在了他們面前。樣子和KERORO一模一樣，但與KERORO不同天空対決戦ｔテンクウたい的是，他是要迅速且透徹地策劃侵略地球的黑暗KERORO。他帶領著部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各國開始了侵略行動。而迎擊這一切的KERORO小隊的命運是？……