一個全身閃紅光的哥斯拉在香港登陸，并把港島和九龍的繁榮商業區破壞後離去。及後東京海底隊道亦因為隧道機械主軸溶化不停發生事故，原來哥斯拉身上的冷卻系統已破壞，令牠體內核子分裂快速活性化，并變成一座懂得步行的核子廠。同時東京水族館發生謎一樣的事件—水族館內的魚被離奇殺害，經研究後發現是一些生活在二億多年前的地層生物—狄斯亞所造成。在臨海副都心，自衛隊派出冷凍戰車迎戰不明生物—狄斯亞及哥斯拉。此時哥斯拉的體溫最終到達一千二百度，并可能引發全人類滅亡的核爆……