在風景秀麗，氣候宜人的王冠市，即將舉行神奇寶貝足籃世界杯比賽，屆時，大批的觀眾和訓練師會涌入此處，整個城市將會陷入一片歡樂的海洋之中。小智（松本梨香 配音）一行人正在前往王冠市的路上，旅途中，他們遇見了名為索羅亞的神秘神奇寶貝，它不僅能夠幻化成人類的姿態，還能夠通過心電感應和人類交流。
　　小智和索羅亞結伴前行，哪知道王冠市竟然發生了神奇寶貝暴動事件，雷公、炎帝和水君本是城市的守護神，卻不知為何向市民們發起了進攻，城市之中一片混亂景象。這一切的始作俑者是名為克林克斯（陣內孝則 配音）的企業家，而他亦是索羅亞想要尋找的同伴。