故事發生在二十一世紀初葉，全球氣候持續變暖，融化的冰山淹沒了大部分陸地，與此同時，名為“霧之艦隊”的戰艦群從天而降占領了海域，人類的生存空間逐漸遭到蠶食。千早群像（興津和幸 配音）是一名士官候補生，某日，一艘名為“伊401”的潛水艇出現在了她的面前。就這樣，群像成為了潛水艇的駕駛員。
　　皮膚黝黑大大咧咧的橿原杏平（宮下榮治 配音）、溫婉可人足智多謀的八月一日靜香（東山奈央 配音）、帶著面具十分神秘的織部僧（松本忍 配音），活潑可愛身手敏捷的四月一日伊織（津田美波 配音），一群懷抱著拯救人類之重大理想的戰友們聚集到了潛水艇之中，為了奪回本該屬于人類的領地和敵人展開了激烈的戰斗。