一個現在還存在著忍者的世界中，現代忍者的雇主，是政治家、大企業的干部們。持有強大權力的人當中，有著一些將忍者當作滿足自己欲望的道具的人存在。為了對抗這些在黑暗中的“惡忍”，政府開始執行了某個計劃―“善忍”―也就是養成屬於國家的忍者的秘密計劃。為了養成“善忍”而成立的機構，“內閣特務諜報部一課付特殊機密諜報員養成所”，通稱、忍學科。在擁有一千名學生的名門升學學校“國立半藏學院”中，不為人知的內面。為了與邪惡戰斗，“善忍”們奉獻自己的青春，正在“國立半藏學院”忍學科中就讀的五名少女，鼓起勇氣與惡忍戰斗。五位女忍者性格各異，她們分別是飛鳥、斑鳩、葛城、柳生、云雀。