故事發生在日本的江戶時代，一名神秘的男子出現在了武士桂小太郎（石田彰 配音）的面前，他手握妖刀“紅櫻”，要求試刀，這個夜晚之后，桂便下落不明。桂的寵物伊麗莎白（高松信司 配音）找到萬事屋的神樂（釘宮理惠 配音）和新八（坂口大助 配音），委托他們尋找主人的下落。同時，銀時（杉田智和）也受到委托，尋找四處作惡的紅櫻的下落。三人的線索匯聚到了一艘空中飛艇上，由于遠離警察的管轄范圍，飛艇里的惡勢力一手遮天。在那里，銀時遇見了曾經的戰友現在的對手高杉晉助（子安武人 配音），高杉正帶領著自己的鬼兵隊企圖毀滅江戶。一面是窮兇極惡的恐怖分子，一邊是暴虐嗜血的妖刀紅櫻，身受重傷的銀時能夠平安脫險拯救江戶嗎？
　　此次劇場版重制了《銀魂》動畫中的《紅櫻篇》，其中，在原作中未出場的真選組也將在故事中大顯身手。