距離與維克特路基艾爾的決戰已經過了一年，光（根岸拓哉 飾）結束了一年的海外進修，回到了日本。此時，咲夜（小池里奈飾）和瑪娜（最上もが飾）也一起加入了UPG，組成了新生UPG。然而，和平卻沒能一直持續下去，雫丘的上空突然出現了謎樣的時空城，以及呼喊著“封印所有奧特曼”的超時空魔神艾塔魯伽和女戰士阿蕾娜（小宮有紗飾）。銀河和維克特利同UPG一起與艾塔魯伽、阿蕾娜展開了戰斗，但卻遭遇了苦戰。　　戰斗中，從別的宇宙趕來的青年春野武藏（杉浦太陽飾）和賽羅奧特曼出現了。為了打倒艾塔魯伽，賽羅給光、勝（宇治清高飾）進行了特訓。UPG也為了解救被封印的奧特曼，和武藏一起突入進了時空城………